Živé vidění skutečnosti a jejího divadelního odrazu provázely Karla Makonje už od studentských let. Jako „enfant terrible“ českého loutkového divadla 60. let neváhal na jeviště přivést autory spojené s pojmy „absurdita“, „existencialismus“, „černá groteska“ – Camuse i Ghelderoda –, kdy se v inscenacích Nedorozumění a Hop, signore ve výběru i zpracování témat přesně dotkl doby. Však také všechny Makonjovy pokusy, které zrcadlily neutěšenou skutečnost, byly „po zásluze“ potrestány. Vedené divadlo, ve kterém realizoval své divadelní představy a sny, skončilo administrativním zásahem, jeho další, velmi svérázné divadelní počiny uvedené v pohnutých 80. letech například v plzeňském Divadle dětí Alfa (za všechny Knoflík pro štěstí s Blue Effectem), byly předmětem diskuzí, nepochopení, tichých zákazů, ale i nevšedního zájmu diváků, kteří vycítili, že se v oblasti loutkového divadla začalo dít něco nového. Možnost realizovat své představy o divadle herce a loutky dostal až v Divadle Minor, které v letech 1990–1998 vedl a kde uvedl velmi odvážně kusy pro mládež i dospělé a volně tak v mnohém na Vedené divadlo navázal.
Jako červená nit se Makonjovou tvorbou táhla záliba v široce pojaté grotesce i vnímání loutky související s představami a ideály romantiků 19. století. Kromě vlastní tvůrčí práce, která v realizaci ne vždy odpovídala jeho představám (je to osud divadelních vizionářů, jejichž sny se v tak konkrétním a živém díle, jakým je divadlo, nezhmotňují snadno), Karel Makonj pečlivě sledoval moderní divadelní teorii a podílel se výrazně na formulování moderní teorie loutkového divadla – či přesněji řečeno divadla herce a loutky, kde se místo partnerství animátora a loutky dostává do popředí nové vyjádření tohoto divadelního propojení. Své úvahy o herectví ve vztahu k loutce a objektu v prostoru publikoval už od studentských let v prestižní revui Divadlo a později v několika seriálech v časopise Loutkář a tyto texty dodnes patří ke „zlatému fondu“ české loutkářské teorie. V rozvíjení a publikování těchto teorií pokračoval v rámci své pedagogické činnosti na KALD DAMU.
Málo o kom by se v českém divadle a českém loutkovém divadle zvlášť dalo říci, že předešel svou dobu – při bilancování Karlovy tvorby si to ale uvědomí nejen ten, kdo měl šanci jeho inscenace vidět, ale i ten, kdo se do jeho studií znovu začte.
